e-Taxでの不動産売却の確定申告のやり方まとめ！添付書類も解説

「不動産売却による所得について、e-Taxで申告を済ませたい」
「e-Taxでの確定申告の際、特例控除の適用で失敗したくない」

e-Taxは便利な確定申告システムですが、初めて利用する方や不慣れな方は不安に思うことも多いでしょう。

不動産を売却して利益がでた場合や、特別控除の適用を受ける場合には、確定申告が必要です。そして、e-Taxを使えば所得税や贈与税などの申告・納税をオンラインで簡単に行うことができます。

この記事では、e-Taxを使った不動産売却の確定申告方法と注意点について詳しく紹介します。

宅建士・2級FP技能士(AFP)・相続管理士

監修者 逆瀬川勇造さん

• 所属：

  合同会社7pockets

地方銀行、住宅会社勤務を経て住宅や不動産を中心としたライターとして活動。現場で多くのお客様の対応で経験させていただいたことをもとに、専門知識に基づいた分かりやすい記事執筆に取り組んでいます。

e-Taxで確定申告するメリット・デメリット

e-Taxとは、インターネットを通じて所得税や贈与税などの電子申告や納税を行えるシステムです。令和5年度の所得税申告におけるe-Tax利用率は69.3%に達し、確定申告の最も一般的な方法となっています。

参照：令和5年度におけるオンライン（e-Tax）⼿続の利⽤状況等について｜国税庁

確定申告書には、以下の4つの作成方法があります。

• 「確定申告書作成コーナー」で作成する
• 確定申告ソフトで作成する
• 手書きで作成する
• 税理士に依頼する

そして、税務署への提出方法は以下の3つです。

• 税務署へ持参する
• 税務署へ郵送する
• e-Tax（国税電子申告・納税システム）で提出する

ほかの方法に比べて、e-Taxにはどのようなメリットがあるのでしょうか。

e-Taxで申告するメリット

ここでは、e-Taxを使って確定申告書を提出するメリットを3つ紹介します。

自宅でいつでも確定申告できる

「確定申告書作成コーナー」などで作成した申告書データを、オンラインで税務署に提出できます。インターネット環境さえあれば、申告書の作成から納税までを自宅で完結できるので、書類を郵送したり窓口へ持参したりする手間がありません。

添付書類を省略できる

住宅ローン残高証明書など、一部の添付書類の提出を省略できるので、申告の手間が減ります。ただし、税務署から書類の提示を求められることもあるため、法定申告期限から原則5年間は保管しておきましょう。

参照：所得税及び復興特別所得税についてよくある質問｜e-Taxホームページ

還付金を早めに受け取れる

e-Taxで申告すると、税金の還付がある場合、通常3週間程度で還付されます。紙での申告と比べて1週間〜半月ほど早く還付金を受け取れます。

参照：e-Taxを利用して提出された申告書の早期還付について｜e-Taxホームページ

e-Taxで申告するデメリット

e-Taxを利用するためには事前準備が必要です。

たとえば、マイナンバーカードがない方は、お住まいの自治体に交付を申請しましょう。申請から発行まで、おおむね1カ月かかるため、時間に余裕のある準備が必要です。

参照：申請・受取方法／申請状況確認｜マイナンバーカード総合サイト

また、パソコンから電子申請を行うには、マイナンバーカードに搭載された電子証明書を読み取るICカードリーダライタ、または、マイナンバーカードの読み取りに対応したスマートフォンをICカードリーダライタの代替として利用することも可能です。マイナポータルのよくある質問から対応機種をご確認ください。

参照：パソコンからマイナンバーカード方式の利用を開始する方法を教えてください。｜e-Taxホームページ

e-Taxを利用するには、利用者識別番号（半角16桁の番号）が必要です。e-Taxホームページの記事を参考に、利用者識別番号を取得しておきましょう。

事前の準備はやや手間がかかりますが、そこまで難しい作業ではありません。一度準備を整えれば翌年以降は対応する必要はありませんので、初回だけ時間に余裕をもって準備を行いましょう。

e-Taxで不動産売却の確定申告書を作成する際に必要なもの

実際に確定申告書を作成・提出する際にも、準備しておく必要のあるものがあります。

ここでは、不動産を売却して利益がでた際に、用意しておくものや書類を解説します。

参照：A4-1 申告手続き（譲渡所得関係　申告書添付書類）｜国税庁

不動産売却に関する添付書類

不動産売却時に譲渡所得がある場合は、確定申告書に「譲渡所得の内訳書【土地・建物用】」を添付して提出します。

税務署のHPからテンプレートをダウンロードして事前に作成することもできますが、「確定申告書作成コーナー」で簡単にデータを作成できます。

申告書の作成に必要な書類

不動産売却に関する確定申告書を作成する際には、建物・土地の取得価額や譲渡費用などの情報を入力する必要があります。手元に以下のような書類を準備しておくと、スムーズに申告書が作成できるでしょう。

• マイナンバーカード（個人番号通知書）
• 購入時の売買契約書の写し
• 不動産売却時の売買契約書の写し
• 取得費用（購入時の金額）を証明できる書類（契約書やパンフレットなど）
• 譲渡費用（仲介手数料や登記費用など）の分かる書類（領収書など）
• 住宅ローン残高が分かる書類
• 登記事項証明書（登記簿謄本）
• 源泉徴収票（給与所得者の場合）

e-Taxでの不動産売却の確定申告のやり方・手順

ここでは、国税庁が公開している「確定申告書作成コーナー〜申告所等作成のための操作の手引〜　土地・建物の譲渡　マイホーム売却による譲渡益　編」から引用して、マイナンバーカードを利用して、e-Tax（WEB版）からマイホームの売却益の確定申告を行う際の手順を紹介します。

また、以下のようなケースに該当する場合は、e-Taxを利用した譲渡所得の内訳書が作成できないため、必要に応じて税理士に相談したり、紙の申告書を提出する方法を検討したりする必要があります。

• 3,000万円控除を適用できる部分とできない部分がある（店舗併用住宅など）
• 居住用財産のうち、軽減税率の特例を適用できる部分とできない部分がある（所有期間が10年以上の部分と10年未満の部分があるなど）
• 居住用財産の買替え等の特例を適用する

1）確定申告書等作成コーナーにアクセス

確定申告書のデータを作成します。

パソコンで「確定申告書等作成コーナー」のサイトにアクセスします。

「作成開始」ボタンをクリックすると、新規の申請書作成画面が開きます。

今回はマイナンバーカードを使ってログインするため、「スマートフォンを利用してe-Tax」「ICカードリーダライタを利用してe-Tax」の中から、お持ちの機器に応じたほうを選んでログインしましょう。

2）確定申告書作成の事前準備を行う

次の画面で、該当する年の「申告書等の作成」を選び、「所得税」をクリックします。

次に、申告書の作成にあたって、マイナポータルと連携する・しないを選択します。

事前にマイナポータルの利用者登録を終えている方は、基本情報が自動で入力されます。

選択したら、「次へ進む」ボタンをクリックし、先程選んだログイン方法に合わせてログインしましょう。

3）申告書等を作成する

次の「申請書の作成をはじめる前に」の画面では、「生年月日」を入力し、「e-Taxにより税務署に提出する」をチェックします。

「質問」欄に表示されている質問について「はい」・「いいえ」をそれぞれ選択し、「次へ進む」ボタンをクリックします。

次の「収入金額・所得金額の入力」の画面では、所得の種類欄の「土地建物等の譲渡所得」の横の「入力する」ボタンをクリックし、「土地建物等の譲渡所得（譲渡所得トップ）」の画面に移ります。

「「譲渡所得の内訳書【土地・建物用】」等をすでに作成している人」に該当する場合は、①の「計算結果入力」ボタンをクリックし、「計算結果入力1」の画面に進んで、作成済みの譲渡所得の内訳票等を基に、画面の案内に沿って入力します。

入力が完了したら、5）に進みます。

「 譲渡所得の内訳書【土地・建物用】」等をまだ作成していない方は、②の「内訳表作成」ボタンをクリックし、4）に進みましょう。

4）譲渡所得の内訳書等の作成を開始する

ここから、譲渡（売却）した土地・建物についての情報を入力し、「譲渡所得の内訳書」等を作成していきましょう。

まず「土地建物等の譲渡所得（内訳書作成トップ）」の画面では、「マイホームを譲渡（売却）し、利益があった方」を選択し、「次へ ＞」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡所得（入力に必要な書類）」の画面では、入力に必要な書類を確認します。

「確定申告書等作成コーナー」で譲渡所得の内訳書が作成できるかを確認するので、質問に「はい」・「いいえ」で回答します。

（いずれか一つでも「はい」に該当した場合は、確定申告書等作成コーナーで電子申告書の作成ができません。ここで操作をやめて、紙の申告書を作成・提出しましょう。）

入力が終わったら、③の「入力終了（次へ）＞」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡所得（3,000万円特別控除の特例要件）」の画面では、控除や特例が適用できるかどうかを確認します。

質問について、「はい」・「いいえ」を選択し、「判定結果を表示する」ボタンをクリックすると、適用可能な特例が表示されます。

④の「特例対応要件確認を終了（次へ）＞」ボタンをクリックし、画面を進めましょう。

次の「土地建物等の譲渡所得（譲渡価額の内訳等入力）」の画面では、譲渡（売却）した土地・建物の所在地や、譲渡価額などを入力します。事前に準備した資料を確認しながら、データを入力しましょう。

すべて入力したら、「入力終了（次へ）＞」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡所得（譲渡費用入力）」の画面では、譲渡（売却）をするために支払った費用を入力します。

すべて入力したら、「入力終了（次へ）＞」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡取得（取得費の入力）」の画面では、売却した土地・建物の購入代金や購入年月日、建物の構造、建物の用途などを入力します。

すべて入力したら、「土地と建物の区分計算をする」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡所得（取得価額の区分）」のページでは、今回譲渡（売却）した土地・建物を取得した金額等を、土地と建物に区分します。

①には、契約書等に区分の記載がある場合など、土地・建物のそれぞれの取得価額が分かる場合は、その金額を入力しましょう。

土地・建物のそれぞれの価額が分からず、支払った消費税額が分かる場合には、②の「消費税額から計算する」をクリックします。

土地・建物のそれぞれの価額が分からず、消費税が課税されていない場合や、課税の有無が分からない場合は、③の「標準的建築価額から計算する」をクリックします。次の画面で求められた情報を入力し、取得価額を計算しましょう。

今回は、③の場合で説明を進めます。

次の「土地建物等の譲渡所得」の画面では、売却した建物の建築年月日を入力し、「表示する」ボタンをクリックすると、標準的な建築単価が表示されます。

次に、売却した建物の床面積を入力すると、建物の取得価額が計算されます。「OK」ボタンをクリックすると、「土地建物等の譲渡取得（取得費の入力）」画面に戻ります。

この画面で、土地・建物の取得にかかった費用を入力し、「一覧を更新」ボタンをクリックします。各明細が更新されるので、問題なければ「OK」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡取得（償却費相当額の計算）」の画面では、建物を引き渡した年月日を入力し、「計算」ボタンをクリックします。償却費相当額が表示されたことを確認し、「OK」ボタンをクリックします。これで、1件分の入力が完了しました。

「土地建物等の譲渡取得（取得費の入力）」画面に戻りますので、「入力結果（次へ）＞」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡取得（特例等の入力）」の画面では、今回の申請で適用される特例が表示されますので、確認しましょう。特例の申請には、書類の添付が必要な場合があります（特例について詳しくは次項で説明します）。

登記事項証明書の添付を省略する場合は、「はい」にチェックを入れ、「不動産番号等の入力」ボタンをクリックして、不動産番号を入力します。不動産番号は登記事項証明書等の表題部に記載されています。

「入力終了（次へ）」ボタンをクリックします。

次の「土地建物等の譲渡所得（入力内容の確認）」の画面では、これまで入力した内容を確認できます。

「入力終了（次へ）＞」ボタンをクリックすると、次のページへ進みます。

次の「土地建物等の譲渡所得（入力終了）」の画面では、申告書に記載する内容が表示されます。内容を確認し、「確認終了（次へ）」ボタンをクリックすると、内訳書の入力が終了し、「収入金額・所得金額の入力」のページに戻ります。

土地・建物等の譲渡所得の入力結果が表示されますので、確認しましょう。

以上で、e-Tax（WEB版）からマイホーム売却益の確定申告を行う際の、不動産に関わる部分の確定申告書および内訳書の入力は終了です。

5）入力内容を確認して、提出

なお、給与所得や年金所得などのほかの各種所得も「収入金額・所得金額の入力」のページで入力します。そのほかの確定申告情報を入力し、確定申告書を提出しましょう。

e-Taxでの確定申告で特別控除の特例を適用する場合について

不動産売却で譲渡所得を得た場合は課税の対象になりますが、一定の書類を添えて確定申告をすることで、納税額を減らせる特例や控除が受けられます。

主な特例

• 居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例（措法35条1項：3,000万円特別控除の特例）

• 所有期間が10年超の居住用財産を譲渡した場合の軽減税率の特例（措法31条の3：軽減税率の特例）

それぞれの特例は、別の記事で詳しく説明しています。

以下、これらの特例について、e-Taxでの入力方法を紹介します。

3,000万円特別控除の特例

この特例を適用できる場合は、「土地建物等の譲渡所得（特例等の入力）」の画面に「特例35条1項　居住用財産を譲渡した場合の3,000万円の特別控除の特例」と表示されています。

内訳書に表示されていることを確認して、確定申告書を提出しましょう。内訳書には、控除後の譲渡所得額が記載されます。

参照：No.3302 マイホームを売ったときの特例｜国税庁

マイホームを売却する場合の軽減税率の特例

この特例を適用できる場合は、「土地建物等の譲渡所得（特例等の入力）」の画面に「特例31条3　所有期間が10年超の居住用財産を譲渡した場合の軽減税率の特例（措法31条の3項：軽減税率の特例）」と表示されています。

この特例を適用を受ける場合、本来は売却した居住用家屋やその敷地の登記事項証明書を添付する必要があります。しかし、「確定申告書等作成コーナー」から電子申告書を作成し、「土地建物等の譲渡所得（特例等の入力）」の画面から不動産番号を入力することで、添付書類の提出を省略することができます。

添付を省略する場合は、「はい」を選択し、「不動産番号などの入力」ボタンをクリックします。不動産番号等の入力画面で不動産番号等を入力し、「入力終了（次へ）＞」ボタンをクリックします。

参照：No.3305 マイホームを売ったときの軽減税率の特例｜国税庁

e-Taxでの不動産売却の確定申告における注意点

ここでは、e-Taxで不動産売却の確定申告手続きを行う際の注意点を解説します。

e-Taxを利用するには事前準備が必要

繰り返しになりますが、e-Taxを利用するには事前準備が必要です。特にマイナンバーカードの取得には一定期間（おおむね1カ月）かかりますので、申告期日までに余裕をもって準備を行いましょう。

添付を省略できない書類がある

不動産売却の確定申告を行う際には、「譲渡所得の内訳書（確定申告書付表兼計算明細書）【土地・建物用】」を提出する必要があります。

申告書への添付が必要な書類については、以下、国税庁のページをご覧ください。

参照：申告書添付書類一覧（所得税及び復興特別所得税（譲渡所得・山林所得関係）申告書添付書類）｜国税庁

添付しなかった書類でも提出を求められる場合がある

以下に記載した書類は、添付を省略できる書類です。

• 登記事項証明書
• 譲渡費用に関する領収書や契約書
• 売買契約書の写し
• 取得費に関する証明書類（購入時の契約書や領収書）

例えば、登記事項証明書の添付が必要な場合でも、その特例の適用を受ける物件および買い換えた物件の不動産番号等を画面に入力することにより、登記事項証明書の添付を省略できます。

しかし、添付が省略できる場合でも、内容の確認のため税務署より書類の提出を求められることがあるので、納税・還付が完了するまでは手元に保管しておきましょう。

【FAQ】e-Taxでの不動産売却の確定申告に関してよくある質問

ここからは、よくある質問とその解決策をご紹介します。ペナルティで損をすることがないよう、ぜひ参考にしてください。

申告と納税はいつまでに行う必要がある？

一般的には、2月16日から3月15日頃までが申告期間および納税期間として設定されます。2024年は、2月16日（金）から3月15日（金）の間でした。

不動産売却で必要な確定申告をしないと、どうなる？

不動産売却をして利益（譲渡所得）が発生したにもかかわらず、期限内に確定申告を行わなかった場合には、「無申告加算税」が課される可能性があります。無申告加算税が課されると、納付すべき税金に加え、本来の税金の10%の割合を乗じた金額を支払わなくてはいけなくなります。

また、納税が遅れた分の延滞税も加算されます。余分な税金の支払いを避けるためには、期日内に忘れずに確定申告と納税を行いましょう。

確定申告の期日を過ぎてしまった時の対処法は？

確定申告をうっかり忘れてしまっていた場合でも、税務署による調査を受ける前に自主的に期限後申告すれば、「無申告加算税」の税率が10%から、5%に軽減されます。気がついたらすぐに税務署に相談のうえ、自主的に申告手続きを行いましょう。

提出後に申告内容の間違いに気がついた。どうすればいい？

誤りに気づいたのが確定申告期限内であれば、改めて申告書を作成し、期限までに再提出すれば問題ありません。この際、再提出した申告書に記載された金額が「納める税金」や「還付される税金」として適用されます。

ただし、すでに還付金を受け取っている場合、再提出した申告書の還付額が少なくなるときや、納める税金が発生する場合には、精算（納付）の手続きが必要です。この場合、所轄の税務署に相談しましょう。

更正の請求書や修正申告書は、国税庁の「確定申告書等作成コーナー」で作成できます。

参照：【申告が間違っていた場合】｜国税庁

まとめ

不動産を売却して利益を得た場合は、期限内に確定申告を行いましょう。そして、e-Taxを使えば、税務署に足を運ぶ必要がないので自宅にいながら手続きが進められます。

これから不動産の売却を進める方は、契約前に大まかな税額を調べておくこともポイントです。税金計算については、以下の記事で詳しく説明しているので、あわせて参考にしてください。

不動産を売却したときの税金の計算方法とシミュレーションを解説

この記事のポイント 譲渡所得税は、売却額から取得費や譲渡費用などを引いた譲渡所得に税率をかけて算出する 譲渡所得の税率は不動産の所有...

逆瀬川勇造さん からのコメント

宅建士・2級FP技能士(AFP)・相続管理士

不動産売却で利益が発生し、その他の利益と合わせてその年の利益が20万円を超える場合には、確定申告して税金を納める必要があります。つい10年ほど前まではe-taxは現在ほど普及しておらず、毎年期日までに込み合う税務署で手続きをしなければなりませんでしたが、それと比べるとe-Taxを利用できる現代は非常に楽になったといえるでしょう。ただし、不動産売却は取得費の計算など素人には計算が難しい部分もあります。必要に応じて税務署の職員や税理士に相談することをおすすめします。